ข้อ ๓๑ อำนาจสอบสวนเพิ่มเติม
           เมื่อพนักงานอัยการได้รับสำนวนจากพนักงานสอบสวนแล้ว หากพนักงานอัยการเห็นว่าการสอบสวนยังไม่ถูกต้องครบถ้วน ให้พนักงานอัยการแจ้งให้พนักงานสอบสวนดำเนินการสอบสวนเพิ่มเติมต่อไป

ข้อ ๓๕ การสอบสวนเพิ่มเติมก่อนมีความเห็นหรือคำสั่ง
           ก่อนมีความเห็นหรือคำสั่ง ให้พนักงานอัยการพิจารณาพยานหลักฐานในคดีให้ได้ความแน่ชัดเสียก่อนว่าผู้ต้องหาได้กระทำความผิดหรือไม่ หากยังไม่แน่ชัดก็ให้สั่งสอบสวนเพิ่มเติม หรือสั่งให้ส่งพยานมาเพื่อซักถามตามรูปคดี
           การสั่งสอบสวนเพิ่มเติมหรือสั่งให้ส่งพยานมาเพื่อซักถามตามรูปคดี ให้หัวหน้าพนักงานอัยการเป็นผู้พิจารณาสั่ง
ในคดีที่แม้จะมีคำรับสารภาพของผู้ต้องหาอยู่แล้วก็ตามควรพิจารณาพยานหลักฐานให้แน่ชัดเสียก่อนตามนัยแห่งวรรคหนึ่ง
หมายเหตุ ความเดิมกำหนดในข้อ 69 ของระเบียบฯ พ.ศ. 2547 และได้แก้ไขโดยเพิ่มความในวรรคสองขึ้นใหม่”

ข้อ ๓๖ การสั่งให้ส่งพยานมาเพื่อซักถาม
           เมื่อผู้เสียหายหรือผู้ต้องหาหรือผู้มีประโยชน์เกี่ยวข้องในคดี ร้องขอต่อพนักงานอัยการว่าไม่ได้รับ ความเป็นธรรมในการสอบสวน หรือมีเหตุอันควรสงสัยว่าพยานให้การโดยไม่สมัครใจหรือให้การขัดต่อความจริง หรือเมื่อมีเหตุอื่นที่เห็นสมควรและพนักงานอัยการเห็นว่าการซักถามพยานจะได้ความชัดแจ้งและรวดเร็ว กว่าการสอบสวนเพิ่มเติม ให้พนักงานอัยการสั่งให้พนักงานสอบสวนส่งพยานคนใดมาให้ซักถาม
           ในการซักถามพยาน พนักงานอัยการจะต้องกระทำร่วมกับหัวหน้าพนักงานอัยการหรือพนักงานอัยการ ที่มีอาวุโสถัดจากหัวหน้าพนักงานอัยการลงมาตามลำดับ และในกรณีที่พนักงานสอบสวนประสงค์จะขอพิง การซักถามด้วยก็ให้เปิดโอกาสให้พิงได้ ทั้งนี้ให้พนักงานอัยการผู้ซักถามบันทึกถ้อยคำของพยานที่ซักถาม ตามแบบและวิธีการที่บัญญัติไว้ในมาตรา ๙ มาตรา ๑๑ และมาตรา ๑๓ แห่งประมวลกฎหมายวิธีพิจารณา ความอาญาโดยอนุโลม
หมายเหตุ ความเดิมกำหนดในข้อ 70 ของระเบียบฯ พ.ศ. 2547

ข้อ ๓๗ การพิจารณาฐานความผิดและการแจ้งข้อหาเพิ่มเติม
            การพิจารณาฐานความผิด ย่อมพิจารณาจากการกระทำที่ผู้ต้องหาถูกกล่าวหา พนักงานอัยการ จะพิจารณาแต่เฉพาะฐานความผิดที่พนักงานสอบสวนได้แจ้งให้ผู้ต้องหาทราบและมีความเห็นไว้เท่านั้นไม่ได้ หากการกระทำที่กล่าวหาเป็นความผิดฐานอื่นด้วย ให้พนักงานอัยการพิจารณาสั่งคดีในความผิดฐานอื่นนั้นด้วย แต่ก่อนสั่งคดีให้หัวหน้าพนักงานอัยการสั่งให้พนักงานสอบสวนดำเนินการในเรื่องการแจ้งข้อหาให้ครบถ้วนเสียก่อน
ในกรณีที่พนักงานอัยการเห็นควรสั่งฟ้องผู้ต้องหาฐานอื่นต่างจากความเห็นของพนักงานสอบสวน ให้ดำเนินการให้มีการแจ้งข้อหาตามนัยวรรคหนึ่งเสียก่อน
หมายเหตุ ความเดิมกำหนดในข้อ 69 ของระเบียบฯ พ.ศ. 2547

ข้อ ๓๘ การแจ้งข้อหาเพิ่มเติมกรณีฟ้องให้ศาลเลือกลงโทษ
           ในกรณีที่พนักงานสอบสวนมีความเห็นควรสั่งฟ้องผู้ต้องหาฐานใดฐานหนึ่ง เช่น ลักทรัพย์หรือรับของโจร และในกรณีนั้น พนักงานอัยการเห็นว่าอาจฟ้องให้ศาลเลือกลงโทษผู้ต้องหาได้ และพนักงานอัยการได้เลือกฟ้องดังกล่าว ให้ดำเนินการให้มีการแจ้งข้อหาเสียก่อน
หมายเหตุ ความเดิมกำหนดในข้อ 68 ของระเบียบฯ พ.ศ. 2547

ข้อ ๓๙ อำนาจของพนักงานอัยการในการสั่งให้พนักงานสอบสวนทำการสอบสวนเพิ่มเติมสำนวนชันสูตรพลิกศพ
           เมื่อพนักงานอัยการได้รับสำนวนชันสูตรพลิกศพตามความในวรรคห้าของมาตรา ๑๕๐ แห่งประมวลกฎหมาย วิธีพิจารณาความอาญาแล้ว หากสำนวนชันสูตรพลิกศพยังขาดตกบกพร่องหรือไม่สมบูรณ์พอที่จะส่งไปให้ศาลทำการไต่สวน ให้พนักงานอัยการดำเนินการสั่งให้พนักงานสอบสวนทำการสอบสวนเพิ่มเติมต่อไป 

ข้อ ๔๐ การดำเนินคดีของข้าราชการอัยการชั้น ๕ และชั้น ๖
           ข้าราชการอัยการชั้น ๕ และข้าราชการอัยการชั้น ๖ ผู้ไม่ได้ปฏิบัติหน้าที่หัวหน้าพนักงานอัยการ เมื่อได้รับมอบหมายให้พิจารณาสำนวนคดีใด ให้ดำเนินคดีนั้นได้เช่นเดียวกับหัวหน้าพนักงานอัยการ และเมื่อสั่งคดีแล้วให้เสนอหัวหน้าพนักงานอัยการเพื่อทราบ กรณีมีคำสั่งฟ้องให้เสนอความเห็นและคำสั่งพร้อมด้วยร่างคำฟ้อง เว้นแต่การดำเนินคดีแก้ต่างคดีอาญา ให้ปฏิบัติตามหมวดว่าด้วยการดำเนินคดีแก้ต่างคดีอาญา
           การเสนอเพื่อทราบ ให้เสนอก่อนยื่นคำฟ้อง เมื่อหัวหน้าพนักงานอัยการมีความเห็นและคำสั่งประการใด ให้ปฏิบัติตามนั้น
           กรณีมีเหตุจำเป็นเร่งด่วนไม่อาจเสนอเพื่อทราบก่อนยื่นคำฟ้อง เช่น คดีจะขาดอายุความฟ้องร้อง หรือเหตุอื่นที่อาจทำให้เกิดความเลียหาย ให้เสนอเพื่อทราบภายหลังยื่นคำฟ้องโดยเร็ว
หมายเหตุ ความเดิมกำหนดในข้อ 51 ของระเบียบฯ พ.ศ. 2547 โดยมีการแก้ไขเล็กน้อย

ข้อ ๔๑ การดำเนินคดีของข้าราชการอัยการชั้น ๑ ถึงชั้น ๔
           ข้าราชการอัยการชั้น ๔ ผู้ไม่ได้ปฏิบัติหน้าที่หัวหน้าพนักงานอัยการ เมื่อได้รับมอบหมายให้พิจารณาสำนวนคดีใด ให้ตรวจพิจารณาสำนวนแล้วทำความเห็นเสนอหัวหน้าพนักงานอัยการพิจารณาสั่ง เว้นแต่คดีนั้น ทุกฐานความผิดมีอัตราโทษจำคุกอย่างสูงไม่เกินสิบปี และหรือมีโทษปรับไม่เกินสองแสนบาท ให้สั่งคดีนั้นได้เช่นเดียวกับหัวหน้าพนักงานอัยการ แต่ต้องเสนอหัวหน้าพนักงานอัยการเพื่อทราบทันที และให้นำความในวรรคสองและวรรคสามของข้อ ๔๐ มาใช้บังคับโดยอนุโลม เว้นแต่การดำเนินคดีแก้ต่างคดีอาญา ให้ปฏิบัติตามหมวดว่าด้วยการดำเนินคดีแก้ต่างคดีอาญา
           ข้าราชการอัยการชั้น ๒ และข้าราชการอัยการชั้น ๓ เมื่อได้รับมอบหมายให้พิจารณาสำนวนคดีใด ให้ตรวจพิจารณาสำนวนแล้วทำความเห็นเสนอผู้กลั่นกรองงานเพื่อทำความเห็นเสนอหัวหน้าพนักงานอัยการพิจารณาสั่ง เว้นแต่ คดีนั้นทุกฐานความผิดมีอัตราโทษจำคุกอย่างสูงไม่เกินสิบปี และหรือมีโทษปรับไม่เกินสองแสนบาท ให้ผู้กลั่นกรองงานสั่งคดีนั้นได้เช่นเดียวกับหัวหน้าพนักงานอัยการ โดยให้นำความในวรรคหนึ่ง มาใช้บังคับโดยอนุโลม กรณีที่สำนักงานอัยการใดไม่มีผู้กลั่นกรองงาน หรือมีแต่ไม่อาจปฏิบัติหน้าที่ได้ และมีเหตุจำเป็นอันไม่อาจรอได้ ให้ทำความเห็นเสนอหัวหน้าพนักงานอัยการเพื่อพิจารณาสั่งต่อไป
สำนวนคดีปรากฏผู้ต้องหาที่ส่งตัวมา ถ้าเห็นควรสั่งฟ้องให้เสนอร่างคำฟ้องด้วย
           สำนวนคดีดังนี้ หากมิใช่คดีที่เห็นควรมีคำสั่งไม่ขอริบของกลาง หรือคดีสำคัญ ให้ผู้กลั่นกรองงาน พิจารณาสั่งคดีไปได้โดยไม่ต้องเสนอความเห็นต่อหัวหน้าพนักงานอัยการ ได้แก่
           (๑) สำนวนคดีฟ้องด้วยวาจา
           (๒) สำนวนคดีปรากฏผู้ต้องหาที่ไม่ได้ส่งตัวมา
                     (ก) คดีที่พนักงานสอบสวนมีความเห็นควรสั่งฟ้อง ซึ่งพนักงานอัยการเจ้าของสำนวนและ ผู้กสั่นกรองงานเห็นควรสั่งฟ้อง
                     (ข) คดีที่พนักงานสอบสวนทำการเปรียบเทียบ ในกรณีเห็นว่าการเปรียบเทียบชอบ
           (๓) สำนวนคดีไม่ปรากฏตัวผู้กระทำผิด เฉพาะกรณีสั่งให้งดการสอบสวน
           กรณีที่จะมอบหมายให้มีผู้กลั่นกรองงานมากกว่าหนึ่งคนขึ้นไป ให้หัวหน้าพนักงานอัยการมอบหมาย พนักงานอัยการโดยคำนึงถึงลำดับอาวุโสและความเหมาะสมแล้วรายงานให้อธิบดีอัยการทราบ
           ในการสั่งจ่ายสำนวน ให้หัวหน้าพนักงานอัยการระบุชื่อผู้กลั่นกรองงานในการสั่งจ่ายสำนวนการสอบสวนให้พนักงานอัยการด้วย
ข้าราชการอัยการชั้น ๑ ให้หัวหน้าพนักงานอัยการสั่งจ่ายสำนวนคดีที่เหมาะสมกับสถานภาพ โดยระบุชื่อพนักงานอัยการผู้เป็นอาจารย์ที่ปรึกษาเป็นผู้ร่วมตรวจสำนวนด้วย                 ทั้งนี้ เมื่อข้าราชการอัยการชั้น ๑ ตรวจสำนวนแล้ว ให้ทำความเห็นเสนอพนักงานอัยการผู้เป็นอาจารย์ที่ปรึกษาเพื่อพิจารณาตำเนินการ ตามระเบียบนี้ต่อไป
หมายเหตุ ความเดิมกำหนดในข้อ 52 ของระเบียบฯ พ.ศ. 2547 และมีการปรับแก้ไขให้เป็นปัจจุบันโดยบัญญัติใหม่ตามระเบียบนี้” 

ข้อ ๔๒ การพิจารณาคดีสำคัญ
            คดีสำคัญในกรณีที่จะมีคำสั่งไม่ฟ้องทุกข้อหาหรือบางข้อหา ให้ทำความเห็นเสนอสำนวนตามลำดับชั้น ถึงอธิบดีอัยการเพื่อพิจารณาสั่งทั้งคดี เมื่ออธิบดีอัยการมีคำสั่งประการใดให้ปฏิบัติตามนั้น

ข้อ ๔๓ การทบทวนความเห็นหรือคำสั่ง
           ในคดีที่มีผู้ต้องหาหลายคนกระทำความผิดในคดีเดียวกัน และได้ฟ้องผู้ต้องหาบางคนที่ได้ตัวไว้แล้ว แต่ศาลพิพากษายกฟ้องในเหตุลักษณะคดีและคดีถึงที่สุดแล้ว ให้พนักงานอัยการทบทวนความเห็นหรือคำสั่ง สำหรับผู้ต้องหาที่ยังเรียกหรือจับตัวไม่ได้ หรือที่ยังไม่ได้ยื่นฟ้อง และให้นำความในวรรคสามของข้อ ๑๐ มาใช้บังคับโดยอนุโลม
หมายเหตุ ความเดิมกำหนดในข้อ 53 ของระเบียบฯ พ.ศ. 2547 และมีการปรับแก้ไขให้เป็นปัจจุบันโดยบัญญัติใหม่ตามระเบียบนี้”

ข้อ ๔๔ การดำเนินการเกี่ยวกับคดีที่อยู่ในอำนาจการไต่สวนของคณะกรรมการ ป.ป.ช. หรือ คณะกรรมการ ป.ป.ท.
           เมื่อพนักงานอัยการได้รับสำนวนการสอบสวนที่มีผู้ต้องหาเป็นเจ้าหน้าที่ของรัฐ หากเห็นว่าการกระทำ ของผู้ต้องหาเป็นคดีที่อยู่ในอำนาจการไต่สวนของเจ้าพนักงานตามกฎหมายประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการทุจริต หรือ ตามกฎหมายว่าด้วยมาตรการของฝ่ายบริหารในการป้องกันและปราบปรามการทุจริต ให้พนักงานอัยการส่งสำนวนคืนพนักงานสอบสวน เพื่อส่งเรื่องให้เจ้าพนักงาน ดังกล่าวพิจารณาดำเนินการตามกฎหมายต่อไป

ข้อ ๔๕ การแจ้งให้พนักงานสอบสวนดำเนินคดี
           เมื่อพิจารณาสำนวนการสอบสวนแล้ว เห็นว่าควรจะได้ดำเนินคดีกับบุคคลที่เกี่ยวข้องในคดี หรือบุคคลภายนอกอื่นที่พาดพิงถึง ให้หัวหน้าพนักงานอัยการทำความเห็นเสนอตามลำดับชั้นถึงอธิบดีอัยการเพื่อพิจารณาสั่ง แล้วแจ้งให้พนักงานสอบสวนดำเนินคดีกับบุคคลดังกล่าวนั้น หากพนักงานสอบสวนเพิกเฉยไม่ปฏิบัติตาม ให้ทำความเห็นเสนอตามลำดับชั้นถึงอธิบดีอัยการเพื่อแจ้งหน่วยงานต้นสังกัดของพนักงานสอบสวน
หมายเหตุ ความเดิมกำหนดในข้อ 62 ของระเบียบฯ พ.ศ. 2547 

ข้อ ๔๖ ความเป็นเอกภาพในการสั่งคดี
           ในการสั่งคดีที่มีผู้ต้องหาหลายคนและหรือมีหลายฐานความผิด ซึ่งอยู่ในเขตอำนาจศาลต่างศาลกัน ให้ปฏิบัติดังนี้
           (๑) ก่อนพิจารณาสั่งคดี ให้สำนักงานอัยการที่ได้รับสำนวนตรวจสอบไปยังสำนักงานอัยการ ที่เกี่ยวข้องว่าได้รับสำนวนคดีแล้วหรือไม่ หากสำนักงานอัยการที่เกี่ยวข้องยังไม่ได้รับสำนวน ให้สำนักงานอัยการที่ได้รับสำนวนสั่งคดีไปได้ แล้วแจ้งผลการสั่งคดีให้สำนักงานอัยการที่เกี่ยวข้องทราบโดยด่วน
สำนักงานอัยการที่เกี่ยวข้อง เมื่อได้รับสำนวนคดี หากจะสั่งคดีไปในแนวทางเดียวกันกับสำนักงานอัยการที่สั่งคดีไปแล้วก็ให้สั่งคดีไปได้ แต่หากจะสั่งคดีขัดแย้งกัน ให้ทำความเห็นเสนอสำนวนตามลำดับชั้นถึงอธิบดีอัยการพิจารณา หากอธิบดีอัยการเห็นพ้องกันกับสำนักงานอัยการที่สั่งคดีไปแล้วก็ให้สั่งคดีได้ หากเห็นขัดแย้งกัน ให้เสนอสำนวนคดีให้รองอัยการสูงสุดผู้ได้รับมอบหมายจากอัยการสูงสุดเป็นผู้พิจารณาสั่ง
          (๒) กรณีที่ตรวจสอบตาม (๑) แล้ว ปรากฏว่าสำนักงานอัยการที่เกี่ยวข้องต่างได้รับสำนวนคดีแล้ว ก่อนพิจารณาสั่งคดี ให้พนักงานอัยการที่เกี่ยวข้องประสานกันว่าจะสั่งคดีไปในแนวทางเดียวกันหรือไม่ หากจะสั่งคดีไปในแนวทางเดียวกันก็ให้สั่งคดีไปได้
หากจะสั่งคดีขัดแย้งกัน ให้แต่ละสำนักงานอัยการทำความเห็นเสนอสำนวนตามลำดับชั้นไปยังอธิบดีอัยการของแต่ละสำนักงานอัยการพิจารณา หากอธิบดีอัยการเห็นพ้องกัน ก็ให้สั่งคดีไปได้ แต่ถ้าเห็น ขัดแย้งกันให้เสนอรองอัยการสูงสุดผู้ได้รับมอบหมายเป็นผู้พิจารณาสั่ง
          (๓) สำหรับในต่างจังหวัด เฉพาะกรณีที่การสั่งคดีที่มีผู้ต้องหาหลายคน และหรือมีหลายฐานความผิด ซึ่งอยู่ในท้องที่จังหวัดเดียวกัน แต่เขตอำนาจศาลต่างศาลกัน ให้อัยการจังหวัดที่เกี่ยวข้องทำความเห็น เสนอสำนวนดังกล่าวให้อัยการจังหวัดของสำนักงานอัยการจังหวัดที่ตั้งอยู่ ณ ตัวจังหวัด ซึ่งรับผิดชอบ การดำเนินคดีที่อยู่ในอำนาจของศาลจังหวัดซึ่งมิใช่ศาลจังหวัดสาขาหรือหน่วยงานที่เรียกชื่ออย่างอื่นในศาลจังหวัดเป็นผู้พิจารณาสั่ง
แต่ถ้าเป็นกรณีที่คดีประเภทดังกล่าว อยู่ในท้องที่สำนักงานอัยการภาคเดียวกัน แต่ต่างจังหวัดกัน ในกรณีเช่นว่านี้ให้อัยการจังหวัดที่เกี่ยวข้องทำความเห็นเสนอสำนวนตามลำดับชั้นให้อธิบดีอัยการภาคนั้น ๆ เป็นผู้พิจารณาสั่ง
          กรณีที่คดีประเภทดังกล่าว อยู่ในท้องที่สำนักงานอัยการต่างภาคกัน ในกรณีเช่นว่านี้ให้หัวหน้า พนักงานอัยการที่เกี่ยวข้องทำความเห็นเสนอสำนวนตามลำดับชั้นให้อธิบดีอัยการของแต่ละสำนักงาน เป็นผู้พิจารณา หากอธิบดีอัยการเห็นพ้องกันก็ให้สั่งคดีไปได้ แต่ถ้าเห็นขัดแย้งกันให้เสนอรองอัยการสูงสุด ผู้ได้รับมอบหมายเป็นผู้พิจารณาสั่ง
          ในการพิจารณาสั่งคดีดังกล่าว หากมีข้อจำกัดเกี่ยวกับกำหนดระยะเวลาในการผัดฟ้องและการฝากขัง ให้พนักงานอัยการประสานงานกับพนักงานสอบสวน ให้รีบส่งสำนวนคดีประเภทนี้ไปยังพนักงานอัยการ ผู้มีอำนาจพิจารณาสั่งคดีในแต่ละกรณีโดยเร็ว นอกจากนี้ให้พนักงานอัยการคำนึงถึงหลักการดำเนินคดีเด็ก หรือเยาวชนด้วย เนื่องจากใช้หลักและวิธีการแตกต่างจากผู้กระทำผิดที่เป็นผู้ใหญ่ การสั่งคดีที่ผู้ต้องหาเป็นเด็กหรือเยาวชน จึงไม่จำเป็นต้องสอดคล้องกับการสั่งคดีในกรณีที่ผู้ต้องหาเป็นผู้ใหญ่ก็ได้
หมายเหตุ ความเดิมกำหนดในข้อ 92 ของระเบียบฯ พ.ศ. 2547

ข้อ ๔๗ การดำเนินคดีความผิดกรรมเดียวที่อาจถูกดำเนินคดีหลายครั้ง
            การดำเนินคดีความผิดกรรมเดียวที่อาจถูกดำเนินคดีหลายครั้ง เช่น การดำเนินคดีในความผิด ฐานหมิ่นประมาทด้วยการโฆษณาทางหนังสือพิมพ์ที่ผู้เสียหายอาจร้องทุกข์ต่อพนักงานสอบสวนได้หลายท้องที่ ให้สำนักงานอัยการที่ได้รับสำนวนการสอบสวนคดีดังกล่าว มีคำสั่งสอบสวนเพิ่มเติมให้ได้ความว่าผู้เสียหาย ได้ร้องทุกข์ต่อพนักงานสอบสวนในท้องที่ใดบ้าง และให้ถือปฏิบัติดังนี้
            (๑) หากมีการร้องทุกข์ต่อพนักงานสอบสวนหลายท้องที่ แต่อยู่ในความรับผิดชอบของสำนักงานคดี หรือสำนักงานอัยการภาคเดียวกัน ให้รีบส่งสำนวนการสอบสวนโดยไม่ต้องมีความเห็นและคำสั่ง ไปยังสำนักงานคดีหรือสำนักงานอัยการภาคนั้น ๆ เป็นผู้พิจารณาสั่ง แล้วให้สำนักงานคดีหรือสำนักงานอัยการภาค รายงานอัยการสูงสุดทราบ เพื่อให้สำนักงานคดีกิจการอัยการสูงสุดจัดเก็บเป็นข้อมูลไว้
            (๒) หากมีการร้องทุกข์ต่อพนักงานสอบสวนหลายท้องที่ แต่อยู่ในความรับผิดชอบต่างสำนักงานคดี หรือสำนักงานอัยการภาค หรือกรณีมีการร้องทุกข์ต่อพนักงานสอบสวนหลายท้องที่ แต่ไม่ได้ความว่าผู้เสียหาย ร้องทุกข์ในท้องที่ใดบ้าง ให้รีบส่งสำนวนการสอบสวนไปยังสำนักงานคดีกิจการอัยการสูงสุดโดยไม่ต้องมีความเห็นและคำสั่ง ให้สำนักงานคดีกิจการอัยการสูงสุดมีหน้าที่ตรวจพิจารณาสำนวนการสอบสวนคดีดังกล่าว แล้วทำความเห็นเสนอรองอัยการสูงสุดที่ได้รับมอบหมาย และให้รองอัยการสูงสุดสั่งคดีทั้งเรื่อง รวมทั้งสั่งการ ให้ดำเนินการเพื่อความเป็นเอกภาพในการอำนวยความยุติธรรมด้วย
            (๓) ให้สำนักงานคดีกิจการอัยการสูงสุดจัดเก็บและพัฒนาข้อมูลเกี่ยวกับคดีดังกล่าวให้ทันสมัย และครบถ้วน เพื่อความเป็นเอกภาพในการอำนวยความยุติธรรม และเพื่อประโยชน์ในการคุ้มครองสิทธิ และเสรีภาพของบุคคล
หมายเหตุ ความเดิมกำหนดในข้อ 93 ของระเบียบฯ พ.ศ. 2547

ข้อ ๖๖ การสั่งคดีความผิดหลายฐานซึ่งเกี่ยวพันกัน
           ภายใต้บังคับบทบัญญัติกฎหมายว่าด้วยการจัดตั้งศาลชำนัญพิเศษ ศาลอาญาคดีทุจริตและ ประพฤติมิชอบ ศาลฎีกาแผนกคดีอาญาของผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมือง และประกาศคณะกรรมการอัยการ ว่าด้วยการแบ่งหน่วยงานและการกำหนดอำนาจและหน้าที่ของหน่วยงานภายในของสำนักงานอัยการสูงสุด กรณีที่พนักงานอัยการได้รับสำนวนคดีอาญาที่มีความผิดหลายฐานซึ่งเกี่ยวพันกัน ให้พนักงานอัยการประจำสำนักงานอัยการที่มีหน้าที่รับผิดชอบในการดำเนินคดีในฐานความผิดซึ่งมีอัตราโทษสูงกว่า มีหน้าที่สั่งฟ้องหรือไม่ฟ้องทุกฐานความผิดที่ต่างฐานกันนั้นได้ ในกรณีที่มีคำสั่งฟ้องผู้ต้องหา ให้พนักงานอัยการ ประจำสำนักงานอัยการที่มีหน้าที่รับผิดชอบในการดำเนินคดีในฐานความผิดซึ่งมีอัตราโทษสูงกว่านั้น ดำเนินการฟ้องผู้ต้องหาในฐานความผิดที่มีอัตราโทษตํ่ากว่ารวมไปด้วยเป็นคดีเดียวกันโดยไม่ต้องแยกฐานความผิดที่มีอัตราโทษต่ำกว่าไปให้สำนักงานอัยการอื่นที่มีหน้าที่รับผิดชอบดำเนินการฟ้องเป็นสำนวนคดีใหม่อีก เว้นแต่ พนักงานอัยการประจำสำนักงานอัยการที่มีหน้าที่รับผิดชอบในการสั่งคดีดังกล่าว จะสั่งไม่ฟ้องเฉพาะฐานความผิดที่มีอัตราโทษสูง และทำให้คดีความผิดฐานอื่นซึ่งเกี่ยวพันกันต้องไปดำเนินคดีที่สำนักงานอัยการอื่นที่มีหน้าที่รับผิดชอบ กรณีเช่นนี้ เมื่อมีคำสั่งเด็ดขาดไม่ฟ้องในฐานความผิดที่มีอัตราโทษสูงแล้ว ให้ส่งสำนวนคดี สำหรับฐานความผิดดังกล่าวไปให้พนักงานสอบสวน นำส่งพนักงานอัยการประจำสำนักงานอัยการอื่นดังกล่าวนั้น เป็นผู้ดำเนินคดีตามนัยมาตรา ๖๒ แห่งประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญา
หมายเหตุ ความเดิมกำหนดในข้อ 59 ของระเบียบฯ พ.ศ. 2547 ถูกยกเลิกและได้บัญญัติความขึ้นใหม่ 

ข้อ ๔๘ การออกคำสั่งกรณีสิทธิฟ้องคดีอาญาระงับ
           ในการพิจารณาสำนวนการสอบสวนให้พนักงานอัยการพิจารณาเรื่องเงื่อนไขระงับคดีก่อน และพนักงานอัยการ พึงระมัดระวังในเรื่องเงื่อนไขระงับคดีตลอดเวลาการดำเนินคดี
           เงื่อนไขระงับคดี ได้แก่
           (๑) ผู้กระทำความผิดถึงแก่ความตาย
           (๒) ในคดีความผิดต่อส่วนตัว เมื่อได้ถอนคำร้องทุกข์ ถอนฟ้อง หรือยอมความกันโดยถูกต้องตามกฎหมาย
           (๓) คดีเลิกกันตามมาตรา ๓๗ (๑) และ (๔) แห่งประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญา
           (๔) คดีเลิกกันตามมาตรา ๓๗ (๒) และ (๓) แห่งประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญา
           (๕) เมื่อมีคำพิพากษาเสร็จเด็ดขาดในความผิดซึ่งได้ฟ้อง
           (๖) เมื่อมีกฎหมายออกใช้ภายหลังการกระทำผิดยกเลิกความผิดเช่นนั้น
           (๗) เมื่อคดีขาดอายุความ
           (๘) เมื่อมีกฎหมายยกเว้นโทษ
           (๙) เมื่อคดีเป็นความผิดต่อส่วนตัวและมิได้ร้องทุกข์ตามระเบียบ
           (๑๐) เมื่อคดีเป็นความผิดต่อส่วนตัวและผู้เสียหายได้ยื่นฟ้องแล้ว ไม่ว่าจะได้ยื่นฟ้องก่อนหรือหลังจากที่ พนักงานอัยการได้รับสำนวนการสอบสวน และไม่ว่าคดีที่ผู้เสียหายได้ยื่นฟ้องแล้วนั้นศาลจะพิพากษาแล้วหรือไม่
           (๑๑) เมื่อมีคำสั่งเด็ดขาดไม่ฟ้องคดีนั้นแล้ว และไม่มีหลักฐานใหม่อันสำคัญแก่คดีซึ่งน่าจะทำให้ศาลลงโทษผู้ต้องหานั้นได้
           (๑๒) มีเหตุสิทธินำคดีอาญามาฟ้องระงับตามกฎหมายอื่น
           กรณีที่คดีใดมีเงื่อนไขระงับคดีในวรรคสองนอกจาก (๔)ให้พนักงานอัยการสั่งคดีว่า“ยุติการดำเนินคดี เพราะ ... (ระบุเงื่อนไขระงับคดีหรือเหตุตามกฎหมายอื่น) ...” โดยไม่ต้องปฏิบัติตามมาตรา ๑๔๕ หรือมาตรา ๑๔๕/๑ แห่งประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญา หรือกฎหมายเกี่ยวกับวิธีพิจารณาความอื่น
           กรณีที่คดีใดมีเงื่อนไขระงับคดีในวรรคสอง (๔) ให้พนักงานอัยการดำเนินการตามหลักการปฏิบัติ และการสั่งคดีเปรียบเทียบตามข้อ ๗๙ และข้อ ๘๐
การสั่งยุติการดำเนินคดีในวรรคสาม ให้หัวหน้าพนักงานอัยการพิจารณาออกคำสั่ง แล้วเสนอสำนวน ให้ผู้บังคับบัญชาลัดขึ้นไปหนึ่งชั้นทราบโดยเร็ว
เพื่อประโยชน์ในการสั่งคดีตามข้อนี้ พนักงานอัยการมีอำนาจสั่งสอบสวนเพิ่มเติมหรือสั่งให้ล่งพยานมา เพื่อซักถามได้
           เมื่อมีคำสั่งยุติการดำเนินคดีตามวรรคสามแล้ว ให้พนักงานอัยการแจ้งคำสั่งยุติการดำเนินคดี แก่พนักงานสอบสวนเพื่อแจ้งให้ผู้ต้องหาและผู้ร้องทุกข์ทราบโดยเร็ว
ถ้าความปรากฏภายหลังว่าเหตุในการออกคำสั่งตามข้อนี้ไม่ถูกต้องหรือมีเหตุที่ต้องเพิกถอนคำสั่ง ให้หัวหน้าพนักงานอัยการทำความเห็น แล้วส่งสำนวนพร้อมความเห็นไปให้อธิบดีอัยการเป็นผู้พิจารณา สั่งเพิกถอนคำสั่งนั้นเว้นแต่อธิบดีอัยการเป็นผู้ออกคำสั่ง ให้ทำความเห็นเสนอสำนวนตามลำดับชั้นถึงอัยการสูงสุด หรือรองอัยการสูงสุดผู้ได้รับมอบหมายเป็นผู้พิจารณาสั่ง
หมายเหตุ ความเดิมกำหนดในข้อ 54 ของระเบียบฯ พ.ศ. 2547 โดยเพิ่มเติมเหตุระงับคดี (11) และ (12)

ข้อ ๔๙ การออกคำสั่งกรณีสิทธิฟ้องคดีอาญาระงับไปในชั้นศาล
           ถ้าความปรากฏแก่พนักงานอัยการว่า สิทธิฟ้องคดีอาญาได้ระงับตามข้อ ๔๘ ในระหว่างการพิจารณาคดี ของศาล ให้พนักงานอัยการประจำศาลชั้นต้นหรืออัยการศาลสูงแถลงข้อเท็จจริงดังกล่าวให้ศาลทราบ
           ถ้าความปรากฏต่อศาลเองว่า สิทธิฟ้องคดีอาญาระงับหรือตามที่พนักงานอัยการได้แถลงตามวรรคหนึ่ง และศาลได้สอบถามพนักงานอัยการ ให้พนักงานอัยการประจำศาลชั้นต้นเป็นผู้แถลงข้อเท็จจริงให้ศาลทราบ
           ในกรณีที่ศาลมีคำสั่งให้จำหน่ายคดี หรือ มีคำพิพากษายกฟ้องโดยอ้างเหตุสิทธินำคดีอาญามาฟ้อง ได้ระงับตามข้อ ๔๘ ถ้าเป็นกรณีตามข้อ ๔๘ (๑) (๒) (๓) (๕) (๖) (๘) และ (๑๖) ให้อัยการศาลสูง เป็นผู้พิจารณาสั่งยุติการดำเนินคดี ทั้งนี้โดยไม่ต้องปฏิบัติตามมาตรา ๑๔๕ และมาตรา ๑๔๕/๑ แห่งประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญา หรือกฎหมายเกี่ยวกับวิธีพิจารณาความอื่น แต่ถ้าเห็นว่ามิใช่กรณีตามข้อ ๔๘ ดังกล่าว ให้อุทธรณ์หรือฎีกาต่อไป
           ในกรณีตามวรรคสาม คดีที่อยู่ในความรับผิดชอบของสำนักงานคดีเยาวชนและครอบครัวและสำนักงานอัยการคดีเยาวชนและครอบครัวจังหวัด ให้หัวหน้าพนักงานอัยการเป็นผู้พิจารณาสั่ง
หมายเหตุ ความเดิมกำหนดในข้อ 55 ของระเบียบฯ พ.ศ. 2547 โดยเพิ่มเติมความในวรรคท้าย